Применение суперкомпьютеров и гибридных вычислительных систем для молекулярного моделирования


	Атомистическое моделирование и теория конденсированного состояния и неидеальной плазмы Научный коллектив под руководством проф. Г.Э.Нормана Главная Исследования Студентам Публикации Конференции Финансирование Семинары Новости Wiki-раздел In English

Направления:

Оглавление

Применение суперкомпьютеров и гибридных вычислительных систем для молекулярного моделирования

На сегодняшний день исследования методами атомистического моделирования практически не мыслимы без использования высокопроизводительных вычислительных систем.

Силами отдела были созданы и поддерживаются вычислительные кластеры ФМБФ МФТИ и СИ ТЭС ОИВТ РАН.

Также используются одни из наиболее мощных в России суперкомпьютеров, установленные в МСЦ РАН и МФТИ (№1 и №17 в списке 50 наиболее мощных компьютеров СНГ).

Разрабатываются методы использования гибридных вычислительных систем, основанных на видеоускорителях, для расчетов молекулярно-динамических задач.

Вычислительный кластер ФМБФ МФТИ
(приобретен Валуевым И.А. по гранту DAAD)

Закупка оборудования, сборка, наладка, тестирование (Валуев И.А., Лузан П.И., 2001г.)
Модернизация (Валуев И.А., Лузан П.И., 2002г.)
Адаптация для работы в Грид (Валуев И.А., Лузан П.И., 2004-2006г.г.)
Администрирование, ремонт, установка ПО (Валуев И.А., Лузан П.И., Морозов И.В., Стегайлов В.В., Куксин А.Ю., 2001г.-н.в.)
Адаптация для использования в образовательном процессе (Морозов И.В., Стегайлов В.В., 2007-2008г.г.)

В настоящий момент кластер включает в себя:
16 двухпроцессорных узлов AMD Athlon 2400, 512Мб
6 двухпроцессорных узлов Pentium III, 866Мгц, 512Мб
Суммарное дисковое пространство: 1.12 Тб
Сетевые интерфейсы: Fast Ethernet, Gigabit Ethernet.

Вычислительный кластер СИ ТЭС ОИВТ РАН

Закупка оборудования, установка ПО, тестирование (Валуев И.А., Лузан П.И., 2005г.)
Адаптация для работы в Грид (Валуев И.А., Лузан П.И., Морозов И.В., 2005-2006г.г.)
Администрирование и ремонт (Морозов И.В., Валуев И.В., 2005г. - н.в.)
Модернизация ПО (Морозов И.В., Валуев И.А., 2008г.)

В настоящий момент кластер включает в себя:
13 двухпроцессорных узлов Intel Xeon 3.0 ГГц х 2
Оперативная память: 2 Гб x 13 = 26 Гб
Жесткие диски: 160 Гб x 13 = 2 Тб
Сетевые интерфейсы: Fast Ethernet, Gigabit Ethernet
Управление питанием: 3 х UPS, 2кВт

Вычислительный кластер ОИВТ РАН

Вычислительный кластер Т-Платформы TEdge-48 компании T-Платформы состоит из 24 вычислительных модулей. Каждый модуль содержит 2 четырехядерных процессора Intel Xeon 5445 с тактовой частотой 2.33 ГГц и 8 Гбайт оперативной памяти. Кроме того, есть управляющий модуль, предназначенный для компиляции и запуска задач, с файловым хранилищем на 6 Тб. Для связи между вычислительными модулями используются две сети Gigabit Ethernet и одна оптоволоконная сеть Infiniband. Производительность кластера на тесте Linpack составляет 1.4 Tflops. Подробнее...

Вычислительный кластер МФТИ-60

Запущен в 2007 на кафедре информатики МФТИ.
417 позиция в списке Top500 (на июнь 2007г.)
Процессоры Intel EM64T Xeon 3GHz (544 вычислительных ядра).
Коммутационная сеть Myrinet.

Вычислительный кластер МВС-100К в МСЦ РАН

35 позиция в списке Top500 (на ноябрь 2008г.)
Процессоры Intel EM64T Xeon 3GHz (7920 вычислительных ядра).
Коммутационная сеть Infiniband DDR 4x.

Тестовая гибридная система

Базовая система
Процессор Core 2 Quad Q6600 2.4GHz/8Mb/1066
ОЗУ 4GB DDR2 800
Мат. плата ASUS P5Q pro

Два видеоадаптера NVIDIA GeForce GTX 260
Число ядер на каждом 192
Рабочая частота 1242 MHz
Частот ОЗУ 999 MHz
Объем ОЗУ 896 MB
Пропускная способность шины памяти 111.9 GB/sec
Максмальная потребляемая мощность 182 W

Наверх

[ Главная ] [ Исследования ] [ Студентам ] [ Публикации ] [ Конференции ] [ Финансирование ] [ Семинары ] [ Новости ] [ Wiki-раздел ] [ In English ]